genomikai lengyel cipő-bőr epidemiológia

hitel: NPG

a teljes genom szekvenálása átalakíthatja a klinikai mikrobiológiát, és hasznos eszközként jelenik meg a fertőző ágensek kimutatásában, valamint a betegségek tendenciáinak és kitöréseinek nyomon követésében. A legjelentősebb nozokomiális kórokozók közé tartozik a Klebsiella pneumoniae és a meticillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA). Az Egyesült Államokban K körülbelül 70% – a. a plazmid kódolású K. pneumoniae karbapenemáz (KPC) gént hordozó pneumoniae törzsek a 258-as szekvencia típusba (ST258) tartoznak, és az Egyesült Királyságban az uralkodó MRSA klón az ST22 UK EMRSA-15. Mindkét multirezisztens baktérium összefügg a fertőzés kitörésével, de a szokásos genotipizálási technikák (például a multilocus szekvencia tipizálása) nem nyújtanak elegendő felbontást ahhoz, hogy bizonyos törzseket véglegesen hozzárendeljenek egy járványhoz, még kevésbé az egyének közötti átviteli útvonalak konkrét következtetésére. Azonban két közelmúltbeli tanulmány kombinálta a teljes genom szekvenálását és a cipő-bőr epidemiológiát, hogy leküzdje ezeket a korlátokat.

Snitkin et al.1 retrospektív módon szekvenált KPC-kódoló K. pneumoniae törzsek 18 betegből, akik az USA-ban feltételezett kórházi járványban vettek részt. Az összes törzs szoros kapcsolatban állt egymással, összesen 41 SNP-vel a genomjukon, ami arra utal, hogy valószínűleg egy járvány részei voltak. A szerzők hét törzset szekvenáltak az index betegből 1 hónapos kórházi tartózkodása alatt, feltárva, hogy három különálló törzs volt jelen különböző anatómiai helyeken. A genomi adatok részletes epidemiológiai információkkal való integrálásával a szerzők megállapították, hogy ezek a különálló törzsek három független transzmissziós eseményben vettek részt az index betegtől más betegekig.

a második tanulmányban2 Harris et al. az Egyesült Királyságban egy speciális gondozású babaegységben vizsgálták az MRSA-járvány gyanúját. Az érintett törzseket kezdetben szokatlan antibiotikum-rezisztencia mintával azonosították. A teljes genom szekvenálása során kiderült, hogy a törzsek közül 14 csak 20 SNP-vel különbözött, ami lehetővé tette a szerzők számára, hogy kitörési klaszterhez rendeljék őket. A részletes epidemiológiai és genomikai adatok integrálásával az elemzés feltárta, hogy a járvány további tíz beteget érintett, és a speciális gondozású babaegységből átterjedt a szülészeti osztályra és a szélesebb közösségre.

Hatvannégy nappal azután, hogy az utolsó MRSA-pozitív beteg elhagyta a speciális gondozású babaegységet, egy másik, a kitörési törzset hordozó beteget azonosítottak. A személyzet későbbi szűrése azonosította a kitörési törzzsel gyarmatosított egyént. Fontos, hogy ennek a munkatársnak a 20 kolóniájának szekvenálása a kitörési törzs változatainak keverékét tárta fel, amelyek közül néhány szorosan kapcsolódott a kitörés első periódusához, mások pedig szorosabban kapcsolódtak a kitörés második periódusának változataihoz. Ezt úgy ítélték meg, hogy összhangban van a járvány törzsének a 64 napos intervallumon át történő átvitelével, valamint a személyzet ezen tagja által a járvány utolsó betegére történő átvitelével.

három kulcsfontosságú pont nyilvánvaló ezekből a tanulmányokból. Először is, bár a teljes genom szekvenálása pontos felbontást biztosít a kitörésben részt vevő törzsekről, a cipő-bőr epidemiológia (az emberek és helyek vizsgálata, ahol a betegség kitörése ténylegesen bekövetkezik) döntő fontosságú az egyének közötti átviteli útvonalak megértéséhez. Az infekciókontroll szakemberek és epidemiológusok ezután beavatkozhatnak a további terjedés megakadályozása érdekében, mint például az MRSA járvány esetében, amikor az alkalmazottat azonosították, majd dekolonizálták.

másodszor, a növekvő rendelkezésre állással és a szekvenálás költségeinek csökkentésével nagyobb mintavételi mélység lehetséges. Több kolónia szekvenálása több beteg több időpontjából új betekintést nyújt a kolonizáció dinamikájába, transzmisszió és betegség.

végül az átviteli útvonalak pontos azonosításának képessége etikai kérdéseket vet fel. Sok kórház számol be a multirezisztens baktériumokkal való fertőzések arányáról, és egyre részletesebb ismereteink vannak arról, hogy ezeket az organizmusokat hogyan szerzik be és továbbítják. A betegeknek nemcsak a kórházi fertőzési arányokhoz kell-e hozzáférniük, hanem a fertőzések megszerzésének pontos módjára vonatkozó információkhoz is? Iránymutatások léteznek a vér útján terjedő vírusfertőzésekben szenvedő egészségügyi személyzet számára, de azt is gondosan meg kell fontolnunk, hogyan kell kezelni az egészségügyi személyzetre vonatkozó információkat, akik multirezisztens baktériumok hordozói lehetnek.

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.