genomisk polsk til sko-læder epidemiologi

kredit: NPG

Helgenomsekventering har potentialet til at transformere klinisk mikrobiologi og fremstår som et nyttigt værktøj til påvisning af infektiøse agenser og til overvågning af sygdomstendenser og udbrud. Blandt de mest fremtrædende nosokomiale patogener er Klebsiella pneumoniae og methicillinresistent Staphylococcus aureus (MRSA). I USA er cirka 70% af K. pneumoniae-stammer, der huser det plasmidkodede K. pneumoniae carbapenemase (KPC) gen, hører til sekvenstype 258 (ST258), og i Det Forenede Kongerige er den dominerende MRSA-klon ST22 UK EMRSA-15. Begge disse multidrugresistente bakterier er forbundet med infektionsudbrud, men standardgenotypeteknikker (såsom multilocus-sekvenstypning) giver ikke tilstrækkelig opløsning til definitivt at tildele bestemte stammer til et udbrud, langt mindre for specifikt at udlede transmissionsveje mellem individer. Imidlertid kombinerede to nylige undersøgelser helgenomsekventering og sko-læderepidemiologi for at overvinde disse begrænsninger.

Snitkin et al.1 retrospektivt sekventeret KPC-kodning K. pneumoniae stammer fra 18 patienter involveret i et mistænkt hospitalsudbrud i USA. Alle stammerne var nært beslægtede med i alt 41 SNP ‘ er på tværs af deres genomer, hvilket tyder på, at de sandsynligvis vil være en del af et udbrud. Forfatterne sekventerede syv stammer isoleret fra indekspatienten under hendes 1-måneders ophold på hospitalet, afslører, at tre forskellige stammer var til stede på forskellige anatomiske steder. Ved at integrere de genomiske data med detaljerede epidemiologiske oplysninger fandt forfatterne, at disse forskellige stammer var involveret i tre uafhængige transmissionshændelser fra indekspatienten til andre patienter.

i den anden undersøgelse2, Harris et al. undersøgt en mistænkt MRSA udbrud i en særlig pleje baby enhed i Det Forenede Kongerige. De involverede stammer blev oprindeligt identificeret ved et usædvanligt antibiotikaresistensmønster. Helgenomsekventering afslørede, at 14 af stammerne kun adskilte sig med 20 SNP ‘ er, hvilket gjorde det muligt for forfatterne at tildele dem til en udbrudsklynge. Ved at integrere detaljerede epidemiologiske og genomiske data, analysen afslørede, at udbruddet involverede yderligere ti patienter og havde spredt sig fra babyenheden til specialpleje til fødeafdelingen og det bredere samfund.

fireogtres dage efter, at den sidste MRSA-positive patient havde forladt babyenheden med særlig pleje, blev en anden patient, der bar udbrudsstammen, identificeret. Efterfølgende screening af personalet identificerede en person koloniseret med udbrudsstammen. Det er vigtigt, at sekventering af 20 kolonier fra denne medarbejder afslørede en blanding af varianter af udbrudsstammen, nogle der var tæt beslægtede med dem fra den første periode af udbruddet, og andre, der var tættere beslægtet med varianter fra den anden periode af udbruddet. Dette blev anset for at være i overensstemmelse med transport af udbrudsstammen over 64-dages kløften og overførsel fra denne medarbejder til den sidste patient i udbruddet.

tre nøglepunkter fremgår af disse undersøgelser. For det første, selvom helgenomsekventering giver nøjagtig opløsning af stammer involveret i et udbrud, er sko-læder epidemiologi (en undersøgelse af de mennesker og steder, hvor sygdomsudbruddet faktisk forekommer) afgørende for at forstå transmissionsveje blandt enkeltpersoner. Infektionsbekæmpelsesudøvere og epidemiologer kan derefter gribe ind for at forhindre yderligere spredning, som i tilfælde af MRSA-udbruddet, da medarbejderen blev identificeret og efterfølgende dekoloniseret.

for det andet, med den stigende tilgængelighed og reducere omkostningerne ved sekventering, vil en større prøveudtagningsdybde være mulig. Sekventering af flere kolonier fra flere tidspunkter fra flere patienter vil give ny indsigt i dynamikken i kolonisering, transmission og sygdom.

endelig rejser evnen til nøjagtigt at identificere transmissionsruter etiske spørgsmål. Mange hospitaler rapporterer nu om infektioner med multidrugresistente bakterier, og vores viden om, hvordan disse organismer erhverves og overføres, bliver mere detaljeret. Skal patienter være i stand til at få adgang til ikke kun hospitalsinfektionshastigheder, men også information vedrørende nøjagtigt, hvordan disse infektioner erhverves? Der findes retningslinjer for sundhedspersonale med blodbårne virusinfektioner, men vi bliver også nødt til nøje at overveje, hvordan vi håndterer oplysninger om sundhedspersonale, der kan være bærere af multidrugresistente bakterier.

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret.